Am 5. März 1711 wurde mit Zustimmung des Kirchenrats die Orgel von St. Martin – gemeint ist vermutlich die Trierer Benediktinerabtei St. Martin – für 130 Reichstaler (etwa 300 Gulden) gekauft, die wohl die bisherige Orgel ersetzte. Die Gesamtkosten dieser Orgel und ihrer Aufstellung beliefen sich für die Pfarrei auf 742 Gulden.
Die zahlreichen Quittungen über Arbeiten an der Orgel aus den Jahren 1764 und 1765 lassen wohl den Schluss zu, dass 1764 / 65 eine so umfassende Erneuerung und Veränderung der Orgel vorgenommen wurde, dass man fast von einer neuen Orgel sprechen kann. Der bisherige „Orgelkasten“, d. h. das Orgelgehäuse, wurde für 20 Reichstaler an die Jesuitenkirche verkauft. Die Beschaffung von Zinn, Blei und anderen Materialien deutet darauf hin, dass die Orgel um einige Register erweitert wurde. Für die so umgestaltete Orgel musste ein entsprechendes Orgelgehäuse angefertigt werden. Als Orgelbauer ist Roman Benedikt Nollet aus Trier angegeben, der für mehr als zwei Jahrzehnte auch die Pflege der Orgel übernahm. Pfarrer Johann Theodor Oehmbs bescheinigte dem „Orgelmacher“ Nollet sowohl 1765 als auch 1770 seine besondere Zufriedenheit mit der an der Orgel vorgenommenen Arbeit.

Als Organisten lassen sich für die Zeit um 1770 folgende Namen ermitteln: Peter Daniel Renner von 1763 bis 1764, der dann offenbar als Organist an den Trierer Dom wechselte, Konrad Arens von 1769 bis 1776 und Anton Glasner, der 1776 die Nachfolge des verstorbenen Arens antrat. Als jährliches Gehalt erhielt der Organist an St. Antonius damals 14 Reichstaler, zuzüglich 2 Reichstaler für das Stimmen der Orgelpfeifen.
Nachdem dem Orgelbauer Nollet am 19. Mai 1787 noch einmal 5 Reichstaler für die Reparatur der Orgel bewilligt worden waren, schweigen die Quellen über Zustand und Pflege der Orgel in den schwierigen Jahren der Besetzung des Trierer Landes durch die französischen Truppen und der Eingliederung in das revolutionäre und später napoleonische Frankreich. Erst in einem Vertrag vom 30. August 1827 zwischen dem Pfarrsend (Verwaltungsrat) von St. Antonius in Trier und Franz Heinrich Stumm, Orgelbauer zu Rhaunen-Sulzbach, ist wieder von der Orgel die Rede. Für 65 Taler und freie Kost und Logis während der Zeit der Arbeiten sollte die bekannte Orgelbaufirma aus dem Hunsrück die Orgel ausputzen, die Bälge neu einledern, die Pfeifen neu einstellen und insgesamt „die Orgel in einen brauchbaren Stand setzen“.

Ob die 1840 geplante "Hauptreparatur" der Orgel von St. Antonius realisiert wurde, lässt sich nicht mehr feststellen. Seit 1859 hatten Pfarrer und Verwaltungsrat sich offenbar zum Erwerb einer neuen Orgel entschlossen, zu deren Finanzierung eine Hauskollekte durchgeführt werden sollte. Dafür musste beim Oberpräsidenten der preußischen Rheinprovinz in Koblenz die Genehmigung eingeholt werden. Im Mai 1859 wurde diese mit dem Hinweis auf drohende Kriegsgefahr - vermutlich sind Befürchtungen wegen eines Einmarsches französischer Truppen im Zusammenhang mit der Luxemburgischen Frage bzw. im Vorfeld des Preußisch-Österreichischen Krieges von 1866 gemeint - und die damit auf die Bevölkerung zukommende Belastung zunächst verweigert, gegen Ende des Jahres dann aber doch erteilt. Die Spendenlisten liegen noch vor; die Hauskollekte brachte den stattlichen Betrag von 2.530 Reichstaler ein.

Der Orgelbauvertrag der Pfarrei St. Antonius mit der Firma Heinrich Wilhelm Breidenfeld in Trier vom 15. November 1860 wurde vom Generalvikariat Trier am 4. Januar 1861 genehmigt. Die neue Orgel sollte 14 Register im Manual und 6 Register im Pedal haben. Im Vertrag wird der Preis von 1.510 Taler genannt, der sich nur auf die Arbeit des Orgelbauers bezog. Anfang Oktober 1861 sollte die neue Orgel aufgestellt sein. Das Orgelgehäuse sollte laut Vertrag von der Pfarrgemeinde auf ihre Kosten geliefert werden. Für die Gestaltung des Orgelgehäuses und einer Emporenbühne gab Domkapitular Wilmowsky am 3. Februar 1861 seine Zustimmung. Nach Verkauf und Abbau der alten Orgel waren offensichtlich noch umfangreiche Maurer-, Steinmetz- und Schreinerarbeiten zu erledigen. Der von Pfarrer Remlinger, Baumeister Koenig und Schreinermeister Koch am 16. März 1861 unterschriebene Vertrag über die Errichtung der Orgelempore und den Bau des Orgelgehäuses benannte als Termin für die Fertigstellung den 15. September 1861. Der Kostenvoranschlag sah für die Maurer- und Steinmetzarbeiten 1.262 Reichstaler, für die Schreinerarbeiten 1.481 (Empore 522, Orgelgehäuse 959 Reichstaler) vor. Die Gesamtkosten der neuen Orgel mussten sich also auf über 4.250 Reichstaler belaufen. Pfarrer Remlinger sollte jedoch den Erfolg seiner Bemühungen nicht mehr erleben, er starb am 24. Mai 1861. In der Sitzung des Kirchenrats von St.Antonius am 28. Oktober 1861 unter dem Vorsitz des neuen Pfarrers Johann Graf (1861-1902) wurde zunächst festgestellt, dass die Hauskollekte und der Verkauf der alten Orgel zusammen einen Betrag von 2730 Reichstaler erbracht hatten. Daher wurde beschlossen, unabhängig von den Erträgen weiterer Sammlungen für die Orgel ein Darlehen von 1200 Reichstalern aufzunehmen, um die Gesamtkosten von über 4.000 Reichstalern begleichen zu können. Das Generalvikariat Trier gab am 12. November 1861 dazu die erbetene Zustimmung (BATr, Abt. 70, Nr. 6242). Die knapp bemessenen Termine für die Fertigstellung der Orgelempore und des Orgelgehäuses sowie der Aufstellung der neuen Orgel wurden offenbar eingehalten.

Die Firma Breidenfeld übernahm natürlich die Pflege und die turnusgemäße Reinigung der Orgel sowie das Stimmen der Zungenregister, zunächst unentgeltlich, ab Januar 1867 dann zu den Konditionen, die die Firma auch für die Domorgel und die Orgel in der Jesuitenkirche vereinbart hatte. Im September 1876 wurde von der Orgelbaufirma Gebrüder Breidenfeld der Kostenvoranschlag für eine Überholung der Orgel eingereicht. Das Pfeifenwerk sollte gereinigt, die Mechanik neu eingestellt und eine reichliche und konstante Luftzufuhr zu den Pfeifen geschaffen werden. Dadurch sollte der Klang der Orgel verbessert und zugleich die Ablagerung von Staub in der Orgel vermindert werden. Zur leichteren Bedienung des Gebläses sollten die bisher gebräuchlichen "Trittschuhe" durch neue Kalkantentritte am Blasebalg ("Balgclaves") ersetzt werden. Für die gesamten Arbeiten veranschlagte die Firma 225 Reichsmark. Ob diese Orgelreparatur durchgeführt wurde, ist aus den Quellen nicht ersichtlich. Immerhin befand sich das Bistum Trier noch mitten im Kulturkampf. Viele Geistliche waren in Haft oder aus dem Bistum ausgewiesen; Bischof Matthias Eberhard, der 1874 fast zehn Monate im Trierer Gefängnis verbracht hatte, und dem nun seitens der preußischen Regierung die Amtsenthebung drohte, war am 30. Mai 1876 verstorben. Pfarrer Johann Graf von St. Antonius war zwar selbst nicht von staatlichen Sanktionen im Zusammenhang mit dem Kulturkampf betroffen, aber das kirchliche Leben war sicher auch in den Pfarreien der Stadt Trier beeinträchtigt.